--defaults-extra-fileは、直後に指定しないとだめ。
マニュアルにも書いてあるし、以前もやった記憶があったのだけど、ちょっとハマった。。。
MySQL :: MySQL 5.1 リファレンスマニュアル :: 3.3.2 オプションファイルの使用
適切な動作のためには、これらのオプションの各々は速やかにコマンド名に続かなければなりません。
分かりにくい日本語だ。
MySQL :: MySQL 4.1 リファレンスマニュアル :: 4.1.2 my.cnf オプション設定ファイル
注意: これらのオプションは、コマンド行の最初に置く必要があります。
こちらの方が分かりやすい。